KTM RC390 doczekał się paru aktualizacji w modelu na 2016 rok. Najbardziej widoczną zmiana jest nowy wydech, który teraz poprowadzony jest z prawej strony motocykla. Dzięki takiemu rozwiązaniu maszyna została odchudzona i zyskała większy prześwit.
Model na 2016 rok został także wyposażony w system ride-by-wire i mokre sprzęgło. Co ciekawe, wcześniejsze modele mogą za dopłatą zostać wyposażone w nowe sprzęgło. KTM RC390 waży zaledwie 147 kg (na sucho) i ma 44 KM.
Za hamowanie odpowiada 320 mm tarcza z przodu, która jest o 20 mm większa od montowanej we wcześniejszych modelach. Inne zmiany obejmują regulowaną dźwignię hamulca i sprzęgła oraz nowe lusterka. Zbiornik paliwa również został zmodyfikowany. Przedłużono także siedzenie, aby uczynić go bardziej komfortowym dla pasażera.
